Здания дацана
На новом месте был построен Цокчен-дуган — главный храм дацана. Трёх этажное здание сочетало тибетские и китайские архитектурные стили. Первый этаж каменный в тибетском стиле, второй и третий этажи деревянные — в китайском стиле.
К 1875 году в дацане была 21 икона на ткани, в библиотеке, в главном здании храма имелись 325 томов Ганджура и Данжура и 16 томов сочинения Юм.
В 1880 году прихожане обратились к губернатору с просьбой перенести деревянные здания двух сумэ, оставшихся на старом месте. Разрешение было выдано 8 июля 1882 года.
В 1891 году дацан посетил цесаревич Николай, возвращавшийся из кругосветного путешествия. В память о пребывании цесаревича, на месте, где стояла его палатка, в 1897 году было построено сумэ Цаган-Дара Эхэ. Это было деревянное двухэтажное здание. Оно стало самым большим зданием дацана — длина его стен составляла 14 саженей. В сумэ располагалась школа богословия Чойра.
В начале XX века было построено здание сумэ Джуд-дуган. Деревянное здание сумэ располагалось на север от главного храма, за оградой монастыря.
Типография дацана
Типография в дацане возникла, предположительно, во второй половине XIX века. Типография дацана издавала 46 наименований книг на тибетском языке, 47 наименований на монгольском языке. Кроме книг, типография печатала ксилографические оттиски изображений бурханов и хий морин.
В настоящее время сохранилось деревянное здание типографии, оно расположено к северо-востоку от ограды монастыря.
Школа тибетской медицины
В 1911 году в дацан переехал вышедший в отставку Хамбо-лама Ч. Иролтуев. После этого дацан стал крупным центром тибетской медицины. Для лечебницы был построен «Мамба-дуган» — небольшое деревянное здание, крытое железной кровлей. В первое время в школе было около 50 учеников. В 1920 — 1930-х годах был построен лазарет, здание медицинской школы, а также хозяйственные постройки — амбары, завозни, бани и др. Здания лечебницы были оснащены телефонной связью.
Преподавателей приглашали из Монголии. Лекарственные препараты привозились из Китая и Монголии, заготавливались местные лекарственные травы. В 1926 году из Цугольского дацана в Ацагатский был передан Атлас тибетской медицины.
В середине 1920-х ламы дацана предлагали на базе школы «Мамба» создать республиканскую школу тибетской медицины.
В начале 1930-х годов на Ацагатском аршане строились здания для больниц, планировалось строительство дома для устройства ванны, приобретение жилых домов и перенос их на Ацагатский аршан, ремонт ранее сооруженных построек. На территории аршана было несколько 2-х этажных домов.
Советский период
В октябре 1922 года в Ацагатском дацане прошёл первый духовный съезд буддистов двух Бурят-Монгольских автономных областей Дальневосточной республики и РСФСР. На съезде были приняты: «Положение об управлении духовными делами буддистов в Сибири» и «Устав внутренней жизни монашествующих в буддийских хидах Сибири» создан центральный орган административного управления ламаистской церкви Бурятии — Центральный духовный совет (ЦДС).
17 декабря 1925 года ЦИК и СНК Бурят-Монгольской АССР приняли постановление о проведении в жизнь декрета советской власти об отделении церкви от государства и школы от церкви. В соответствии с этим постановлением вся собственность дацанов переходила к государству. Школа тибетской медицины и ламы были обложены налогами.
Начиная с 1927 года, Е. Е. Обермиллер каждое лето проводил в Ацагатском дацане, где под руководством лам изучал тибетские переводы индийских философских сочинений буддийской традиции и комментарии к ним.
Весной 1933 года рядом с дацаном был образован милицейский совхоз, который начал использовать земли дацана. При совхозе был открыт дом для бесприрников.
15 августа 1936 года дацан был ликвидирован постановлением Улан-Удэнского городского совета. Здания дацана использовались для школы-интерната. Были утрачены здания двух сумэ и Джуд-дугана, разрушены монастырские стены, субурганы, перестроены здания «Цокчен» дугана и «Чойра».
Восстановление дацана
В 1991 году Ацагат посетил Далай-лама XIV. Далай-лама освятил место будущего строительства дацана. В 1992 году дацан был восстановлен. Новое здание построено на другом месте, у склона горы Тамхитын даба. 6 ноября 1992 года была проведена первая служба.
При дацане в 1999 году был открыт дом-музей Агвана Доржиева. 1 марта 1999 года музею был придан статус республиканского государственного музея.
