Рельеф
Поверхность представлена прибрежно-дельтовой равниной плейстоценового возраста с эоловыми формами рельефа. По рельефу территория заказника представляет собой заболоченную равнину, разделенную протоками дельты, плавно снижающуюся к Байкалу. Характерны землетрясения силой 9 и более баллов.
Водоёмы
Дельта образована множеством проток реки Селенги, наиболее крупные из которых Лобановская (24 км), Галутай (23 км), Среднее Устье (15 км), а также озёрами, внутрикалтусными разливами и сорами. Большинство озёр дельты имеют небольшую площадь и малые глубины – 1-2 м. Самое большое озеро в дельте – озеро Грязное. Характерна высокая заболоченность территории.
Растительность
В мелководных озёрах и сорах растительность представлена сообществами плавающих (рясковые, роголистниковые, пузырчатковые) и прикреплённых ко дну растений (рдестовые, урутьевые, ужовниковые, стрелолистовые, болотноцветниковые, кувшинковые). Периодически затапливаемые участки дельты заняты зарослями тростника с участием хвоща, камыша, рогоза и осоково-злаковыми заболоченными лугами. Растительность редко затопляемых участков поймы слагается зарослями ивняков и других кустарников в сочетании с участками лугов. Из растений, занесенных в Красную книгу Бурятии, следует отметить яблоню ягодную и кувшинку четырёхугольную.
Фауна и животный мир
На территории заказника в большом числе гнездятся кряква, широконоска, серая утка, красноголовый нырок и хохлатая чернеть. Поселяются колонии серебристых, озёрных и малых чаек, речных крачек, серых цапель. Всего в дельте Селенги отмечено на гнездовье более 100 видов птиц. Занесены в Красные книги орлан-белохвост и азиатский бекасовидный веретенник.
Особенно важно значение дельты в период миграций для отдыха и кормежки тысячи уток, куликов, чаек, других птиц, среди которых взяты под особую охрану стерх, чёрный аист, малый лебедь, сухонос, могильник, беркут, кречет, сапсан, балобан. В дельте наблюдается высокая численность земноводных, среди которых - сибирская и остромордая лягушки.
В водоемах обычны язь, щука, окунь, встречается сазан, изредка заходит байкальский осётр.
Характерные особенности
Целью создания стала охрана водоплавающих птиц, их мест гнездования, отдыха и пролёта, сохранение болот, проток, небольших озёр, луговых комплексов. Заказник имеет статус ландшафтного. Дельта реки Селенга получила международный статус по условиям Рамсарской конвенции.
